A principal diferença entre os modelos A1 e A3 é o tipo de armazenamento. Enquanto no certificado A1 a assinatura fica armazenada no computador do usuário, o certificado A3 permite que a assinatura fique armazenada em mídias portáteis, como tokens USB ou cartões com chip. Para decidir qual modelo escolher é importante ter claro qual será sua finalidade. Se for apenas para assinar documentos digitalmente ambos os modelos podem ser adotados, no entanto, existem diversas aplicações para o certificado e, em algumas circunstâncias, o modelo A3 poderá ser exigido.
